Hola Enrique,

si tienes manchas amarillas en el yeso es que hay humedades importantes. El yeso es un gran retentor de humedad, por lo que será difícil de reparar los problemas de humedades y además tiende con el tiempo a desmoronarse donde le ha afectado la humedad. Los fijadores de silicato son buenos para pintar con silicato posteriormente, pero para la cal el fijador que puedes utilizar es el agua de cal. Aún así, no te librarías de los problemas de humedades y esas manchas seguirían tendiendo a crecer ya que el yeso absorbe la humedad que esté en contacto con él con mucha facilidad.
Lo más efectivo en tu caso es intentar frenar la absorción de humedad del yeso y dejar que se seque completamente antes de seguir con la pintura.